Los aminoácidos también se encuentran en las plantas, y a partir de ellos se sintetizan sustancias llamadas alcaloides. 

Los alcaloides son sustancias de origen vegetal, que generalmente contienen en su estructura química, Carbono, Nitrógeno, Hidrógeno y Oxígeno.

Entre los alcaloides más comunes se tienen los siguientes:

• La morfina, la cual se emplea en medicina en forma de clorhidrato y sulfato, como sedantes y calmantes.  Es un medicamento perteneciente a los analgésicos opioides indicado para tratamiento del dolor intenso y severo.

• La Cocaína alcaloide principal de las hojas de coca; anestésico local y estimulante; droga ilegal de mucho consumo. En 1884, C. Koller demostró la eficacia de la cocaína como anestésico en la cirugía de ojos, con lo cual se inició la era de la anestesia local. La cocaína se extrae de las hojas de coca, es de sabor amargo, insensibiliza la lengua, y se usa en medicina en forma de clorhidrato.

• La cafeína: Estimulante adictivo extraído del café. Para la mayoría de las personas, la cantidad de cafeína, entre dos y cuatro tazas de café diarias, no es dañina. Sin embargo, demasiada cafeína puede dejarlo inquieto, ansioso e irritable. También puede impedirle dormir bien y causarle dolores de cabeza, ritmos cardíacos anormales u otros problemas. Si interrumpe el uso de la cafeína puede presentar síntomas de abstinencia.

• La Efedrina. Es una amina utilizada ampliamente en la medicina tradicional china.

Es clasificada como una droga que actúa como estimulante del Sistema Nervioso Central. En la medicina se utiliza como descongestionante de las mucosas nasales y como agente antialérgico. 

• La nicotina: se encuentra en el jugo del tabaco acompañada de otros alcaloides. Es un líquido incoloro de olor semejante al tabaco y sabor ardiente, picante y es muy tóxica en dosis extremadas. Se sintetiza en las zonas de mayor actividad de las raíces de las plantas del tabaco, trasportada por la savia a las hojas verdes. El depósito se realiza en forma de sales de ácidos orgánicos.